Pada tahun terjadinya konfrontasi Malaysia- Indonesia, tidak terdapat sebarang catatan tentang kegiatan pelajar Malaysia di Indonesia kerana semua pelajar pulang ke tanah air. Pada tahun 1967, pelajar-pelajar Malaysia mulai datang lagi ke Indonesia. Pada 18 Mei 1968, HMPI mengadakan kongres. Dalam kongres tersebut dipersetujui untuk HMPI menjadi PKPMI iaitu Persatuan Kebangsaan Pelajar-Pelajar Malaysia Di Indonesia dan menetapkan Jakarta sebagai pusat manakala Yogyakarta adalah cawangan PKPMI. Sejak itu, PKPMI terus berkembang terutama di Pulau Jawa bagi membentuk beberapa cawangan PKPMI yang di antaranya adalah :-
- Cawangan Jakarta (18 Mei 1968 )
- Cawangan Yogyakarta ( 18 Mei 1968 )
- Cawangan Bogor ( 23 Mei 1968 )
- Cawangan Bandung ( 12 April 1969)
- Cawangan Surabaya (10 November 1972)
- Cawangan Bali (30 September 1986)
- Cawangan Ujung Pandang ( 17 Oktober 1987 )
- Cawangan Medan ( Mei 1982)
- Cawangan Acheh ( 25 Disember 1985)
- Cawangan Padang ( 25 Mac 1986)